Zaručený elektronický podpis prokazuje nejen identitu toho, kdo dokument podepsal, ale utvrzuje i autenticitu samotného dokumentu. To znamená, že zajišťuje, že v podepsaném dokumentu nedošlo od podepsání k žádným změnám. Problém, který představuje dlouhodobé uchování elektronických dokumentů, spočívá v nemožnosti zaručení jejich autenticity po dlouhý čas. Certifikát zaručeného elektronického podpisu vyprší po třech letech a poté již autenticitu dokumentů není možné ověřit.

Možným řešením je převod elektronických dokumentů do papírové podoby. K tomu lze využít například služby Czech point, České pošty, advokátů a notářů. Byť je tato metoda spolehlivá, její nevýhody převažují. Krom toho, že autorizovaná konverze dokumentů je poměrně nákladná (například Česká pošta si účtuje 30 Kč za každou byť započatou stránku.), objevuje se problém společný pro veškeré uchovávání listinných písemností. Je třeba zajistit místo, kde budou uchovány a ošetřeny tak, aby nedošlo k jejich zničení. Jinými slovy, vytrácí se všechny výhody, které elektronické dokumenty mají.

Druhým řešením je opatřit dokument před vypršením certifikátu zaručeného elektronického podpisu novým elektronickým podpisem s novou dobou platnosti certifikátu. Nevýhoda tohoto řešení spočívá v nutnosti pravidelně, co tři roky, aktualizovat zaručený elektronický podpis u všech dotčených dokumentů.

Třetím a pravděpodobně nejefektivnějším řešením je využití služby zřízené dle Národního standardu pro elektronické systémy spisové služby dle zákona č. 499/2004 Sb., o archivnictví a spisové službě a vyhláškou ministerstva vnitra č. 259/2012 Sb., o podrobnostech výkonu spisové služby. Spisová služba funguje jako úložiště dokumentů. Dokument, jehož autenticitu chceme zaručit i po velmi dlouhé době, nahrajeme do úložiště Národního archivního standardu. Tam může být uložen po dlouhou dobu a služba garantuje, že nedojde k jeho změnám. Nevadí tedy ani, když v průběhu jeho uložení vyprší platnost certifikátu zaručeného elektronického podpisu, kterým byl podepsán. Chce-li někdo dokument použít, je možné pořídit jeho elektronickou kopii, která je při vytvoření opatřena aktuálním certifikátem Národního archivního standardu. Ten garantuje autenticitu původního dokumentu, a „překryje“ tak původní podpis. Tento způsob uchovávání elektronických dokumentů je velmi jednoduchý a praktický.