Podle životnosti mikroskopických preparátů lze preparáty ve farmakognozii rozdělit do dvou skupin, na preparáty:

dočasné – obsahují většinou živý nefixovaný objekt

trvalé – bývají většinou kvalitnější, trvanlivější, ale příprava je časově náročnější

Podle způsoby přípravy objektu k pozorování:

• objekt neupravujeme a pozorujeme in toto (výtrusy, celý list)
• výřez pletiva
• vytlačené, roztlačené pletivo
• otiskové preparáty (mikroreliéfová technika vhodná k pozorování stomat a epidermis listu)
• tenké řezy

Řezy si připravíme ručně, řežeme skalpelem nebo žiletkou. Řezy převedeme štětečkem do vody nebo do jiného média a připravíme preparát k dalším úpravám. Tento způsob vyžaduje velkou míru zručnosti a zkušenosti. Pro přípravu tenkých řezů se dále používají mikrotomy (obr. 1). Tato řezací zařízení dělíme na mikrotomy sáňkové, rotační. Materiál je fixovaný do parafínového nebo želatinové bločku. Modifikací výše uvedených mikrotomů je mikrotom zmrazovací, kdy je řezaný materiál zpevněný zmrazením, stlačeným CO₂.

Postup přípravy trvalých preparátů:

1. Odběr materiálu

2. Fixace a konzervace

   Zkoumaný materiál umístíme do lahviček s fixačním roztokem. Ve fixačním roztoku dojde k okamžitému zastavení životních pochodů v buňkách. Používají se fixační směsi složené z formaldehydu, kyseliny octové a alkoholu (FAA), směsi tvořené alkoholem a glycerolem, (3 díly 70% ethanolu a 1 díl glycerolu). Tyto směsi současně materiál změkčují, což je výhodné hlavně pro stonky, kůry, dřevo, a také materiál konzervují.

3. Řezání

   Pokud chceme pro řezání použít některý z mikrotomů, je vhodné zalít řezaný materiál do vhodného média, např. parafínu. Pro zalévání do parafínu je vhodné řezaný materiál odvodnit, přes vzestupnou alkoholovou řadu, zalít do parafínu a nařezat preparáty. Pokud plánujeme s připravenými řezy pracovat ve vodném prostředí, např. barvení, projasňování (chloralhydrát, peroxid vodíku), je vhodné parafínové řezy převést zpátky do vodného prostředí, odstranit zbytky parafínu např. xylenem, toluenem a přes sestupnou alkoholovou řadu převést zpět do čisté vody.

   Zalévat můžeme také do želatiny nebo využít zpevnění materiálu zmrazením pomocí stlačeného CO₂.

   Podle způsobu řezu rozlišujeme řezy na:

   • Příčné (transverzální) vedené kolmo na osu orgánu
   • Podélné (longitudinální) vedené rovnoběžně s osou orgánu. Ty můžeme dále dělit na řezy: radiální vedené přibližně osou orgánu a tangenciální vedené mimo středovou osu orgánu.

4. Barvení

   Ke zvýraznění pozorovaných struktur nebo k lokalizaci obsahových látek v rámci připraveného mikroskopického řezu využíváme celou řadu barviv. Proces barvení může probíhat v hodinovém sklíčku nebo přímo na podložním sklíčku. Barvit můžeme bez předchozího usmrcení objektu – vitální barvení. Barvení in toto se využívá na objekty fixované.

   Podle způsobu barvení rozlišujeme:

   • progresivní – barvíme do žádané síly zbarvení
   • regresivní – řezy přebarvíme a přebytečné barvivo ze struktur vymýváme
   • sukcedánní – následují dvě nebo více barvení po sobě
   • simultání – barví se současně dvěma nebo více barvivy, která spolu nereagují

   Podle charakteru se barviva dělí na:

   • bazická
   • kyselá
   • neutrální

   Mezi nejpoužívanější barviva patří Lugolův roztok (směs jodidu draselného a jodu), který tmavě fialově vybarvuje škrob, barvení floroglucinolem v kyselém prostředí zvýrazní lignifikované buněčné stěny. Barvením safraninem dosáhneme vybarvení sklerifikované a lignifikované buněčné stěny, barví červeně. Chlorzinkjod (chlorid zinečnatý + jodid draselný + jod) vybarvuje fialově škrob a celulosu, zdřevnatělé buněčné stěny vybarvuje žlutohnědě.

5. Uzavírání preparátu

   Vybarvený preparát upevníme na podložní sklíčko a zalijeme zavíracím médiem. Uzavírací média jsou glycerol-želatina, kanadský balzám nebo syntetické pryskyřice. V případě pryskyřic nebo kanadského balzámu musíme zavodněný preparát převést znovu do nevodného prostředí a teprve uzavřít.