Informace o předmětu

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lucie Kuntová, Ph.D. (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Ing. Sylva Koudelková, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Michaela Beránková (pomocník)
Mgr. Hana Šimečková (pomocník)
Mgr. Adam Vinco (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. || Bi6400c Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza) a bioinformatiky (manipulace se sekvenčními daty a design oligonukleotidů).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 18/24

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-MBG)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů, editace in vivo pomocí CRISPR/Cas9, umlčování genů), purifikace a diagnostika rekombinantních proteinů.

Výstupy z učení

Na konci praktického kurzu je student schopen zvládnout metody pro manipulaci s rekombinantní DNA v genovém inženýrství a základní techniky přípravy proteinů.

Osnova

• 1. Klonování lytického proteinu ve vektorech řady pUC a pET. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů, funkční test naklonovaného lytického enzymu - zymogram.
• 2. Exprese a purifikace rekombinantního proteinu SH3b_GFP pomocí kapalinové chromatografie.
• 3. Umlčení genů odpovědných za tvorbu septa pomocí CRISPR/Cas9 u Escherichia coli. Návrh řídící RNA pro CRISPR umlčování. Manipulace s dCas9 plasmidem. Kazetové vložení inzertu. Transformace buněk. Vyhodnocení světelnou mikroskopií.
• 4. Návrh systému využívající CRISPR-Cas10 systém pro editaci fágových genomů. Úloha zahrnuje návrh anti-tag sekvence, návrh mezerníku pro selekci needitovaných fágových částic. Ověření funkčnosti navrženého editačního systému.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Kurz bude probíhat blokově, ve čtyřech 3 h teoretických blocích a praktických blocích, které budou organizovány 2x týdně po 3 h v průběhu 4 týdnů. Studenti budou vypracovávat teoretické návrhy konstruktů a provádět praktické experimenty na základě dostupných protokolů.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je napsání vstupního teoretického testu před praktickou částí, absolvování všech úloh a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lucie Kuntová, Ph.D. (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Ing. Sylva Koudelková, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Michaela Beránková (pomocník)
Mgr. Kristína Rovňáková (pomocník)
Mgr. Hana Šimečková (pomocník)
Mgr. Adam Vinco (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi8313/01: Po 19. 2. až Ne 26. 5. Po 12:00–14:50 D36/216, L. Kuntová, I. Mašlaňová, R. Pantůček
Bi8313/02: Po 19. 2. až Ne 26. 5. Út 13:00–15:50 D36/216, L. Kuntová, I. Mašlaňová, R. Pantůček

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. || Bi6400c Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza) a bioinformatiky (manipulace se sekvenčními daty a design oligonukleotidů).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 13/24, pouze zareg.: 0/24

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-MBG)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů, editace in vivo pomocí CRISPR/Cas9, umlčování genů), purifikace a diagnostika rekombinantních proteinů.

Výstupy z učení

Na konci praktického kurzu je student schopen zvládnout metody pro manipulaci s rekombinantní DNA v genovém inženýrství a základní techniky přípravy proteinů.

Osnova

• 1. Klonování lytického proteinu ve vektorech řady pUC a pET. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů, funkční test naklonovaného lytického enzymu - zymogram.
• 2. Exprese a purifikace rekombinantního proteinu SH3b_GFP pomocí kapalinové chromatografie.
• 3. Umlčení genů odpovědných za tvorbu septa pomocí CRISPR/Cas9 u Escherichia coli. Návrh řídící RNA pro CRISPR umlčování. Manipulace s dCas9 plasmidem. Kazetové vložení inzertu. Transformace buněk. Vyhodnocení světelnou mikroskopií.
• 4. Návrh systému využívající CRISPR-Cas10 systém pro editaci fágových genomů. Úloha zahrnuje návrh anti-tag sekvence, návrh mezerníku pro selekci needitovaných fágových částic. Ověření funkčnosti navrženého editačního systému.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Kurz bude probíhat blokově, ve čtyřech 3 h teoretických blocích a praktických blocích, které budou organizovány 2x týdně po 3 h v průběhu 4 týdnů. Studenti budou vypracovávat teoretické návrhy konstruktů a provádět praktické experimenty na základě dostupných protokolů.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je napsání vstupního teoretického testu před praktickou částí, absolvování všech úloh a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lucie Kuntová, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Ing. Sylva Koudelková, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Michaela Beránková (pomocník)
Mgr. Lenka Kosečková Micenková, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Radka Obořilová (pomocník)
Mgr. Hana Šimečková (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 12:00–14:50 D36/216, Út 12:00–14:50 D36/216, Út 12:00–14:50 E25/209

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. || Bi6400c Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza) a bioinformatiky (manipulace se sekvenčními daty a design oligonukleotidů).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 7/24, pouze zareg.: 0/24

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-MBG)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů, editace in vivo pomocí CRISPR/Cas9, umlčování genů), purifikace a diagnostika rekombinantních proteinů.

Výstupy z učení

Na konci praktického kurzu je student schopen zvládnout metody pro manipulaci s rekombinantní DNA v genovém inženýrství a základní techniky přípravy proteinů.

Osnova

• 1. Klonování lytického proteinu ve vektorech řady pUC a pET. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů, funkční test naklonovaného lytického enzymu - zymogram.
• 2. Exprese a purifikace rekombinantního proteinu SH3b_GFP pomocí kapalinové chromatografie.
• 3. Umlčení genů odpovědných za tvorbu septa pomocí CRISPR/Cas9 u Escherichia coli. Návrh řídící RNA pro CRISPR umlčování. Manipulace s dCas9 plasmidem. Kazetové vložení inzertu. Transformace buněk. Vyhodnocení světelnou mikroskopií.
• 4. Návrh systému využívající CRISPR-Cas10 systém pro editaci fágových genomů. Úloha zahrnuje návrh anti-tag sekvence, návrh mezerníku pro selekci needitovaných fágových částic. Ověření funkčnosti navrženého editačního systému.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Kurz bude probíhat blokově, ve čtyřech 3 h teoretických blocích a praktických blocích, které budou organizovány 2x týdně po 3 h v průběhu 4 týdnů. Studenti budou vypracovávat teoretické návrhy konstruktů a provádět praktické experimenty na základě dostupných protokolů.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je napsání vstupního teoretického testu před praktickou částí, absolvování všech úloh a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lucie Kuntová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jiří Holoubek, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Radka Obořilová (pomocník)
Mgr. Hana Šimečková (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 12:00–15:50 E25/119, Čt 8:00–8:50 E25/119

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. || Bi6400c Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza) a bioinformatiky (manipulace se sekvenčními daty a design oligonukleotidů).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 1/24, pouze zareg.: 0/24
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-MBG)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů, editace in vivo pomocí CRISPR/Cas9, umlčování genů), purifikace a diagnostika rekombinantních proteinů.

Výstupy z učení

Na konci praktického kurzu je student schopen zvládnout metody pro manipulaci s rekombinantní DNA v genovém inženýrství a základní techniky přípravy proteinů.

Osnova

• 1. Klonování lytického proteinu ve vektorech řady pUC a pET. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů, funkční test naklonovaného lytického enzymu - zymogram.
• 2. Exprese a purifikace rekombinantního proteinu SH3b_GFP pomocí kapalinové chromatografie.
• 3. Umlčení genů odpovědných za tvorbu septa pomocí CRISPR/Cas9 u Escherichia coli. Návrh řídící RNA pro CRISPR umlčování. Manipulace s dCas9 plasmidem. Kazetové vložení inzertu. Transformace buněk. Vyhodnocení světelnou mikroskopií.
• 4. Návrh systému využívající CRISPR-Cas10 systém pro editaci fágových genomů. Úloha zahrnuje návrh anti-tag sekvence, návrh mezerníku pro selekci needitovaných fágových částic. Ověření funkčnosti navrženého editačního systému.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Kurz bude probíhat blokově, v jednom 3 h teoretickém bloku, který bude společný pro obě seminární skupiny a ve čtyřech 6 h praktických blocích pro každou seminární skupinu zvlášť (max. 12 studentů na skupinu). Studenti budou vypracovávat teoretické návrhy konstruktů a provádět praktické experimenty na základě dostupných protokolů.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, napsání vstupního teoretického testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Hana Šimečková (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 24. 5. 9:00–10:50 E25/119, Út 25. 5. 9:00–10:50 E25/119, St 26. 5. 9:00–10:50 E25/119, Čt 27. 5. 9:00–10:50 E25/119, Pá 28. 5. 9:00–10:50 E25/119, Po 31. 5. 9:00–10:50 E25/119, Út 1. 6. 9:00–10:50 E25/119, St 2. 6. 9:00–10:50 E25/119, Čt 3. 6. 9:00–10:50 E25/119, Pá 4. 6. 9:00–10:50 E25/119

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. || Bi6400c Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza) a bioinformatiky (manipulace se sekvenčními daty a design oligonukleotidů).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-MBG)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů, editace in vivo pomocí CRISPR/Cas9, umlčování genů), purifikace a diagnostika rekombinantních proteinů.

Výstupy z učení

Na konci praktického kurzu je student schopen zvládnout metody pro manipulaci s rekombinantní DNA v genovém inženýrství a základní techniky přípravy proteinů.

Osnova

• 1. Klonování lytického proteinů ve vektorech řady pUC a pET. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 2. Umlčení genů odpovědných za tvorbu septa pomocí CRISPR/Cas9 u Escherichia coli. Dizajn řídící RNA pro CRISPR umlčování. Manipulace s dCas9 plasmidem. Kazetové vložení inzertu. Transformace buněk. Vyhodnocení světelnou mikroskopií.
• 3. Konstrukce proteinové sondy pro identifikaci patogenů a antibakteriálního proteinu s rozšířeným spektrem účinnosti. Crispr/Cas9 editace virových částic. Exprese a purifikace pomocí afinitní chromatografie. Pozorování efektu sond multispektrometrem a chloroformovým testem.
• 4. Přerušení genů způsobujících antibiotickou rezistenci u methicilín-rezistentního Staphylococcus aureus pomocí transpozonové mutageneze. Elektroporace cizorodé DNA. Příprava kompetentních buněk. Mutační skríning.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý druhý týden v rozsahu odpovídajícím dvojnásobku týdenní dotace v období březen - duben - květen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Hana Šimečková (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 8:00–11:50 E25/209

• Rozvrh seminárních/paralelních skupin:

Bi8313/01: Pá 9:00–12:50 E25/119, I. Mašlaňová, R. Pantůček
Bi8313/02: St 8:00–11:50 E25/119, I. Mašlaňová, R. Pantůček

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza) a bioinformatiky (manipulace se sekvenčními daty a design oligonukleotidů).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 28 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/28, pouze zareg.: 0/28
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-MBG)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů, editace in vivo pomocí CRISPR/Cas9, umlčování genů), purifikace a diagnostika rekombinantních proteinů.

Výstupy z učení

Na konci praktického kurzu je student schopen zvládnout metody pro manipulaci s rekombinantní DNA v genovém inženýrství a základní techniky přípravy proteinů.

Osnova

• 1. Klonování lytického proteinů ve vektorech řady pUC a pET. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 2. Umlčení genů odpovědných za tvorbu septa pomocí CRISPR/Cas9 u Escherichia coli. Dizajn řídící RNA pro CRISPR umlčování. Manipulace s dCas9 plasmidem. Kazetové vložení inzertu. Transformace buněk. Vyhodnocení světelnou mikroskopií.
• 3. Konstrukce proteinové sondy pro identifikaci patogenů a antibakteriálního proteinu s rozšířeným spektrem účinnosti. Crispr/Cas9 editace virových částic. Exprese a purifikace pomocí afinitní chromatografie. Pozorování efektu sond multispektrometrem a chloroformovým testem.
• 4. Přerušení genů způsobujících antibiotickou rezistenci u methicilín-rezistentního Staphylococcus aureus pomocí transpozonové mutageneze. Elektroporace cizorodé DNA. Příprava kompetentních buněk. Mutační skríning.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý druhý týden v rozsahu odpovídajícím dvojnásobku týdenní dotace v období březen - duben - květen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Pavol Bárdy, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Michal Zeman, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Martin Benešík, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi8313/01_1: Po 18. 2. až Pá 17. 5. St 9:00–12:50 E25/119, I. Mašlaňová, R. Pantůček
Bi8313/01_2: Po 18. 2. až Pá 17. 5. St 9:00–12:50 E25/119, I. Mašlaňová, R. Pantůček

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 28 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/28, pouze zareg.: 0/28
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů, editace in vivo pomocí CRISPR/Cas9, umlčování genů).

Výstupy z učení

Na konci praktického kurzu je student schopen zvládnout metody pro manipulaci s rekombinantní DNA v genovém inženýrství a základní techniky přípravy proteinů.

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Umlčení genů odpovědných za tvorbu septa pomocí CRISPR/Cas9 u Escherichia coli. Dizajn řídící RNA pro CRISPR umlčování. Manipulace s dCas9 plasmidem. Kazetové vložení inzertu. Transformace buněk. Vyhodnocení světelnou mikroskopií.
• 3. Konstrukce proteinové sondy pro identifikaci patogenů a antibakteriálního proteinu s rozšířeným spektrem účinnosti. Crispr/Cas9 editace virových částic. Exprese a purifikace pomocí afinitní chromatografie. Pozorování efektu sond multispektrometrem a chloroformovým testem.
• 4. Přerušení genů způsobujících antibiotickou rezistenci u methicilín-rezistentního Staphylococcus aureus pomocí transpozonové mutageneze. Elektroporace cizorodé DNA. Příprava kompetentních buněk. Mutační skríning.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý druhý týden v rozsahu odpovídajícím dvojnásobku týdenní dotace v období duben - květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Pavol Bárdy, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Michal Zeman, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Martin Benešík, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi8313/01_1: St 9:00–12:50 E25/119, P. Bárdy, I. Mašlaňová, R. Pantůček, M. Zeman

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 28 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/28, pouze zareg.: 0/28
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů, editace in vivo pomocí CRISPR/Cas9, umlčování genů).

Výstupy z učení

Na konci praktického kurzu je student schopen zvládnout metody pro manipulaci s rekombinantní DNA v genovém inženýrství a základní techniky přípravy proteinů.

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Umlčení genů odpovědných za tvorbu septa pomocí CRISPR/Cas9 u Escherichia coli. Dizajn řídící RNA pro CRISPR umlčování. Manipulace s dCas9 plasmidem. Kazetové vložení inzertu. Transformace buněk. Vyhodnocení světelnou mikroskopií.
• 3. Konstrukce proteinové sondy pro identifikaci patogenů a antibakteriálního proteinu s rozšířeným spektrem účinnosti. Crispr/Cas9 editace virových částic. Exprese a purifikace pomocí afinitní chromatografie. Pozorování efektu sond multispektrometrem a chloroformovým testem.
• 4. Přerušení genů způsobujících antibiotickou rezistenci u methicilín-rezistentního Staphylococcus aureus pomocí transpozonové mutageneze. Elektroporace cizorodé DNA. Příprava kompetentních buněk. Mutační skríning.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý druhý týden v rozsahu odpovídajícím dvojnásobku týdenní dotace v období duben - květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Pavol Bárdy, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Michal Zeman, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Martin Benešík, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 20. 2. až Po 22. 5. St 9:00–12:50 E25/119, Čt 14:00–15:50 E25/119

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 28 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/28, pouze zareg.: 0/28
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu.
• 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce.
• 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý druhý týden v rozsahu odpovídajícím dvojnásobku týdenní dotace v období duben - květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Martin Benešík, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Ivana Kupčíková, DiS. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi8313/01_1: St 9:00–12:50 E25/119, R. Pantůček
Bi8313/01_2: St 9:00–12:50 E25/119, R. Pantůček

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu.
• 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce.
• 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý druhý týden v rozsahu odpovídajícím dvojnásobku týdenní dotace v období duben - květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Martin Benešík, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 9:00–9:50 E25/209, St 9:00–12:50 E25/119, Pá 9:00–10:50 E25/119

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 15 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/15, pouze zareg.: 0/15
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu.
• 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce.
• 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý druhý týden v rozsahu odpovídajícím dvojnásobku týdenní dotace v období duben - květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Martin Benešík, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 8:00–11:50 E25/119

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 15 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/15, pouze zareg.: 0/15
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu.
• 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce.
• 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý druhý týden v rozsahu odpovídajícím dvojnásobku týdenní dotace v období duben - květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 9:00–9:50 Bpt,01013, Pá 10:00–12:50 Bpt,01013

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu.
• 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce.
• 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá každý druhý týden v rozsahu odpovídajícím dvojnásobku týdenní dotace v období duben - květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 8:00–8:50 Bpt,01013, Pá 9:00–11:50 Bpt,01013

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu.
• 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 4. Klonování fágového lytického enzymu v expresních vektorech pET, funkční test, detekce rekombinantního proteinu.
• 5. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce.
• 6. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá v druhé polovině jarního semestru po dobu 6 týdnů v rozsahu dvojnásobné týdenní hodinové dotace, ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. et Mgr. Veronika Oškerová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Rozvrh

Pá 8:00–11:50 Bpt,01013

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu.
• 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce.
• 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá blokově v období květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu.
• 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce.
• 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá blokově v období květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu.
• 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce.
• 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá blokově v období květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, polymerázová řetězová reakce a její modifikace pro účely analýzy genomu).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení. 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu. 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů. 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce. 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá blokově v období květen - červen. Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Informace učitele

Návody k jednotlivým úlohám jsou dostupné u vyučujících.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, polymerázová řetězová reakce a její modifikace pro účely analýzy genomu).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení. 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu. 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů. 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce. 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá blokově v období květen - červen. Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Informace učitele

Návody k jednotlivým úlohám jsou dostupné u vyučujících.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství )
Metody molekulární biologie, cvičení z metod molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 16 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/16, pouze zareg.: 0/16
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, polymerázová řetězová reakce a její modifikace)

Osnova

• Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách, restrikční analýza klonů. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce. PCR (polymerázová řetězová reakce). Optimalizace primerů, identifikace genů pro koagulázu, TSST-1 toxin a rezistenci k meticilinu, RAPD-PCR. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá blokově v období květen - červen. Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh.

Informace učitele

Návody k jednotlivým úlohám jsou dostupné u vyučujících

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství )
Metody molekulární biologie, cvičení z metod molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, polymerázová řetězová reakce a její modifikace)

Osnova

• Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách, restrikční analýza klonů. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce. PCR (polymerázová řetězová reakce). Optimalizace primerů, identifikace genů pro koagulázu, TSST-1 toxin a rezistenci k meticilinu, RAPD-PCR. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá blokově v období květen - červen. Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh.

Informace učitele

Návody k jednotlivým úlohám jsou dostupné u vyučujících

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství )
Metody molekulární biologie, cvičení z metod molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, polymerázová řetězová reakce a její modifikace)

Osnova

• Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách, restrikční analýza klonů. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce. PCR (polymerázová řetězová reakce). Optimalizace primerů, identifikace genů pro koagulázu, TSST-1 toxin a rezistenci k meticilinu, RAPD-PCR. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá blokově v období květen - červen. Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh.

Informace učitele

Návody k jednotlivým úlohám jsou dostupné u vyučujících

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství )
Metody molekulární biologie, cvičení z metod molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, polymerázová řetězová reakce a její modifikace)

Osnova

• Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách, restrikční analýza klonů. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce. PCR (polymerázová řetězová reakce). Optimalizace primerů, identifikace genů pro koagulázu, TSST-1 toxin a rezistenci k meticilinu, RAPD-PCR. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá blokově v období květen - červen. Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh.

Informace učitele

Návody k jednotlivým úlohám jsou dostupné u vyučujících

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu.
• 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce.
• 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá blokově v období květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
• 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu.
• 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
• 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce.
• 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Výukové metody

Výuka probíhá blokově v období květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.

Metody hodnocení

Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Předpoklady

! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, polymerázová řetězová reakce a její modifikace pro účely analýzy genomu).

Osnova

• 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení. 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu. 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů. 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce. 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.

Literatura

• ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info

Metody hodnocení

Výuka probíhá blokově v období květen - červen. Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.

Informace učitele

Návody k jednotlivým úlohám jsou dostupné u vyučujících.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

• Statistika zápisu (nejnovější)