Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Přírodovědecká fakulta
jaro 2013
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 9:00–9:50 Bpt,01013, Pá 10:00–12:50 Bpt,01013
Předpoklady
! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů).
Osnova
  • 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
  • 2. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Návrh sekvencí primerů s 5'-konci pro modifikaci konců amplikonu (vložení restrikčního místa). Provedení PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu.
  • 3. Klonování ve vektorech řady pUC. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů.
  • 4. DNA hybridizace. Neradioaktivní značení DNA digoxigeninem (příprava genově specifické sondy), příprava roztoků pro hybridizaci, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizace DNA se značenou sondou, imunologická detekce.
  • 5. Sekvencování DNA. Příprava denaturačního polyakrylamidového gelu pro sekvencování, zpracování sekvencí DNA a proteinů na PC.
Literatura
  • BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
  • ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
  • SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info
Výukové metody
Výuka probíhá každý druhý týden v rozsahu odpovídajícím dvojnásobku týdenní dotace v období duben - květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.
Metody hodnocení
Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.