Bi8313 Praktikum z genového inženýrství

Přírodovědecká fakulta
jaro 2018
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Pavol Bárdy, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Michal Zeman, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Martin Benešík, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi8313/01_1: St 9:00–12:50 E25/119, P. Bárdy, I. Mašlaňová, R. Pantůček, M. Zeman
Předpoklady
! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza)
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 28 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/28, pouze zareg.: 0/28
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, příprava molekulárních sond, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů, editace in vivo pomocí CRISPR/Cas9, umlčování genů).
Výstupy z učení
Na konci praktického kurzu je student schopen zvládnout metody pro manipulaci s rekombinantní DNA v genovém inženýrství a základní techniky přípravy proteinů.
Osnova
  • 1. Izolace restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96. Ověření aktivity restriktáz. Optimalizace štěpení.
  • 2. Umlčení genů odpovědných za tvorbu septa pomocí CRISPR/Cas9 u Escherichia coli. Dizajn řídící RNA pro CRISPR umlčování. Manipulace s dCas9 plasmidem. Kazetové vložení inzertu. Transformace buněk. Vyhodnocení světelnou mikroskopií.
  • 3. Konstrukce proteinové sondy pro identifikaci patogenů a antibakteriálního proteinu s rozšířeným spektrem účinnosti. Crispr/Cas9 editace virových částic. Exprese a purifikace pomocí afinitní chromatografie. Pozorování efektu sond multispektrometrem a chloroformovým testem.
  • 4. Přerušení genů způsobujících antibiotickou rezistenci u methicilín-rezistentního Staphylococcus aureus pomocí transpozonové mutageneze. Elektroporace cizorodé DNA. Příprava kompetentních buněk. Mutační skríning.
Literatura
  • BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
  • ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
  • SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info
Výukové metody
Výuka probíhá každý druhý týden v rozsahu odpovídajícím dvojnásobku týdenní dotace v období duben - květen - červen ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.
Metody hodnocení
Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.