PřF:Bi8313 Prakt. z gen. inženýrství - Informace o předmětu
Bi8313 Praktikum z genového inženýrství
Přírodovědecká fakultajaro 2022
- Rozsah
- 0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lucie Kuntová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jiří Holoubek (pomocník)
Mgr. Radka Obořilová (pomocník)
Mgr. Hana Šimečková (pomocník) - Garance
- prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Út 12:00–15:50 E25/119, Čt 8:00–8:50 E25/119
- Předpoklady
- ! B6492 Prakt. z mol. biol. 2 && ( Ex_2979 Metody molekulární biologie || Ex_2980 Metody molekulární genetiky || B6390 Metody molekulární genetiky || B6400 Metody molekulární biologie || Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ( Bi6405 Metody molek. biologie - cvič. || B6405 Metody molek. biologie - cvič. || Bi6400c Metody molek. biologie - cvič. ) && NOW ( Bi8090 Genové inženýrství ) && ! Bi5491 Prakt. z mol. diagnostiky
Znalosti základních metod molekulární biologie (izolace DNA, enzymatické úpravy DNA, gelová elektroforéza) a bioinformatiky (manipulace se sekvenčními daty a design oligonukleotidů). - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 3/24, pouze zareg.: 0/24
Jiné omezení: Studenti kteří již absolvovali B6492 tento předmět nezapisují z důvodu stejného obsahu. Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů. - Mateřské obory/plány
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-MBG)
- Cíle předmětu
- Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA (restrikční endonukleázy, klonování DNA, modifikace DNA in vitro prostřednictvím polymerázové řetězové reakce, klonování produktů PCR, přenosy DNA do buněk, selekce klonů s rekombinantní DNA a sekvencování klonů, editace in vivo pomocí CRISPR/Cas9, umlčování genů), purifikace a diagnostika rekombinantních proteinů.
- Výstupy z učení
- Na konci praktického kurzu je student schopen zvládnout metody pro manipulaci s rekombinantní DNA v genovém inženýrství a základní techniky přípravy proteinů.
- Osnova
- 1. Klonování lytického proteinu ve vektorech řady pUC a pET. Modifikace konců DNA prostřednictvím PCR. Purifikace produktů pomocí komerčního kitu. Defosforylace konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligace vektorové a cizorodé DNA T4 DNA ligázou, transformace kompetentních buněk, identifikace rekombinantů na ampicilinových plotnách s IPTG a X-gal, restrikční analýza klonů, funkční test naklonovaného lytického enzymu - zymogram.
- 2. Exprese a purifikace rekombinantního proteinu SH3b_GFP pomocí kapalinové chromatografie.
- 3. Umlčení genů odpovědných za tvorbu septa pomocí CRISPR/Cas9 u Escherichia coli. Návrh řídící RNA pro CRISPR umlčování. Manipulace s dCas9 plasmidem. Kazetové vložení inzertu. Transformace buněk. Vyhodnocení světelnou mikroskopií.
- 4. Návrh systému využívající CRISPR-Cas10 systém pro editaci fágových genomů. Úloha zahrnuje návrh anti-tag sekvence, návrh mezerníku pro selekci needitovaných fágových částic. Ověření funkčnosti navrženého editačního systému.
- Literatura
- BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
- ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
- SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info
- Výukové metody
- Kurz bude probíhat blokově, v jednom 3 h teoretickém bloku, který bude společný pro obě seminární skupiny a ve čtyřech 6 h praktických blocích pro každou seminární skupinu zvlášť (max. 12 studentů na skupinu). Studenti budou vypracovávat teoretické návrhy konstruktů a provádět praktické experimenty na základě dostupných protokolů.
- Metody hodnocení
- Předpokladem pro získání zápočtu je absolvování všech úloh, napsání vstupního teoretického testu a odevzdání protokolů.
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (jaro 2022, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2022/Bi8313