Sliznice žaludku je asi 1,5–2 mm tlustá a má šedorůžovou až načervenalou barvu. V prázdném žaludku je poskládána v četné zásobní řasy. Při zvětšení je žaludeční sliznice rozdělena v malá, rýhami oddělená polygonální políčka o ploše 2–6 mm2, areae gastricae. Na povrchu žaludečních políček jsou četné prstovité prohlubně, zvané žaludeční jamky, foveolae gastricae. Na dně žaludečních jamek vyúsťují žaludeční žlázky.
Sliznici kryje vysoký jednovrstevný cylindrický epitel, který vystýlá i žaludeční jamky. Epitelové buňky mají kromě krycí funkce i funkci žlázovou: permanentně vylučují hlen, který v souvislé vrstvě pokrývá žaludeční sliznici a chrání ji před proteolytickými účinky žaludeční šťávy.
Slizniční žaludeční žlázky jsou trojího druhu: glandulae cardiacae, glandulae gastricae propriae a glandulae pyloricae. Na bázi žlázek se nacházejí převážně hlavní (zymogenní) buňky produkující pepsin, ve střední části buňky krycí (parietální), secernující HCl a vnitřní faktor. V bazálních úsecích žlázek jsou řídce uloženy neuroendokrinní buňky.
Mezi sliznicí a submukózou je úzký proužek svaloviny – lamina muscularis propria. Svalovina žaludku (t.muscularis propria) je tvořena 3 vrstvami – zevní podélnou, střední cirkulární a vnitřní šikmou. Zevní povrch žaludku je kryt serózou.
Sliznice tenkého střeva je velmi členitá. Členitost sliznice způsobují plicae circulares Kerckringi, střevní klky a žíhaná kutikula, složená z dlouhých mikroklků enterocytů. Touto úpravou je dosaženo enormního zvětšení slizničního povrchu, na kterém probíhá resorpce.
Plicae circulares jsou příčné řasy vysoké 6–8 mm, ve které je většině střeva sliznici zdvižena. Jsou vytvořeny v duodenu a jejunu, postupně jich ubývá, v distálních úsecích ilea již vytvořeny nejsou.
Sliznice celého tenkého střeva je uspořádána v tzv. střevní klky (villi intestinales). Jsou vysoké 0,3–1 mm a na 1 mm2 jich podle místa střeva připadá 10 až 40. Podmiňují sametový vzhled sliznice. Klky jsou tvořeny výchlipkami epitelu a vaziva lamina propria mucosae. Povrch klků je kryt jednovrstevným cylindrickým epitelem. Epitel se skládá z několika druhů buněk: vstřebávání živin zajišťují specializované resorpční buňky, enterocyty, sekrety účastnící se trávení produkují pohárkové buňky a buňky Panethovy, látky modulační povahy (lokální hormony) produkují enteroendokrinní buňky.
Pro duodenální sliznici je typické, že v nejkraniálnějším úseku duodena (bulbus) chybějí plicae circulares Kerckringi, které začínají až pod papilla duodeni major (papilla Vateri).